Dlouho se věřilo, že za to mohou klimatické změny, ale v poslední době přicházejí vědci s novými teoriemi. Už dlouho se mluví o tom, že patří k druhům, které přímo vyhubil člověk. Poslední výzkumy tuto teorii podporují, ale přicházejí se zcela jiným pohledem na způsob, jak to dokázal.
Jeskynní medvědi začali vymírat přibliženě před 50 tisíci lety, přesně v období, kdy se začala rozrůstat lidská populace. O 26 tisíc let později už bylo definitivně po nich. Vzhledem k jejich velikosti a síle je však málo pravděpodobné, že by je lidé systematicky lovili pro potravu - spíš se jen bránili proti jejich útokům nebo se snažili zabít jedince žijící v jejich blízkosti. Jeskyní medvědi si tedy s lidmi museli nějak konkurovat. A protože byli převážně býložraví, zatímco lidé doby ledové se živili výhradně lovem, muselo jít o něco jiného.
Podle vědců je téměř jisté, že šlo o jeskyně, úkryty před krutým podnebím doby ledové, na nichž záviseli jak lidé, tak medvědi. Ale jen medvědi jeskynní, pozůstatky medvědů hnědých ze stejného období se v jeskyních prakticky vůbec nenacházejí.
Velké obytné jeskyně se však v přírodě nevyskytují na každém kroku. Lidé proto obsadili každou, která byla jen trochu příhodná. A z jeskynních medvědů se stali bezdomovci. Na rozdíl od hnědých medvědů si však nedělají tukové zásoby, v zimě proto byli na úkrytech v jeskyních závislí a pokud žádnou volnou nenašli, strádali a dlouhou zimu málokdy přežili.
Medvědi hnědí naopak jeskyně k zimování vůbec nepotřebují, na zimu si vytvářejí tukové zásoby, které jim ji pomohou přežít, a tak jim stačí úkryt pod vývratem, větším balvanem, pod nějaký převisem, v puklinách skal apod. Další výhodou hnědých medvědů byla jejich mnohem větší přizpůsobivost změnám prostředí a potravní nabídky. Vyhubit, nebo téměř vyhubit, se je tedy podařilo až současnému modernímu člověku 19. a 20. století.
